Trường THCS Ngũ Phụng được thành lập ngày 31 tháng 8 năm 2004. Trong những năm qua, được sự quan tâm của các cấp uỷ Đảng, chính quyền và nhân dân địa phương, cùng với sự nỗ lực cố gắng của các thế hệ giáo viên và học sinh, chất lượng giáo dục nhà trường luôn được giữ vững và từng bước nâng cao. Trường liên tục đạt danh hiệu “Tập thể lao động tiên tiến”, “Tập thể lao động xuất sắc”. Ngày 31/8/2016, nhà trường được Sở GD&ĐT Bình Thuận công nhận trường đạt mức kiểm định chất lượng cấp độ I, ngày 08 tháng 11 năm 2017 nhà trường được UBND tỉnh Bình Thuận công nhận trường đạt chuẩn Quốc gia.